Berikutan pelancaran sistem Yamaha Y-AMT (Yamaha Automatic Manual Transmission) bulan lepas, model MT-09 akan menjadi motosikal Yamaha pertama yang akan menerima ciri tersebut.
Yamaha berkata spesifikasi asas model ini akan akan kekal sama.
Sistem Y-AMT membolehkan penunggang menukar gear melalui butang yang dipasang pada bar hendal, atau menyerahkan penukaran gear kepada sistem itu untuk menyelesaikannya secara automatik. Fungsinya serupa dengan Dual Clutch Transmission (DCT) Honda, tetapi sistem Y-AMT tidak mempunyai dwi-klac. Satu lagi persamaan ialah motosikal tanpa tuil klac dan tuil gear.
Penukaran gear dikawal oleh dua penggerak elektrik, yang menggantikan fungsi tangan kiri dan kaki kiri penunggang. Sistem ini mempunyai berat 2.8kg dan cukup kecil tanpa menambah kelebaran motosikal.
Y-AMT bukanlah transmisi automatik Yamaha pertama (selain daripada skuter dengan CVT, sudah tentu), kerana pengeluar itu telah melengkapkan FJR1300A pada 2007 dengan YCC-S (Yamaha Chip Controlled Shift). Ia menggunakan klac hidraulik automatik dan penunggang menukar gear melalui tuil gear dikendalikan jari.
